L'activité de la caldeira se manifeste par différents phénomènes. Des phénomènes de géothermie (geysers, sources d'eau chaude, boues chaudes, fumerolles), des séismes plus nombreux que la normale (même s'ils sont généralement suffisamment faibles pour n'être ressentis que par les sismographes), un flux de chaleur plus important que la normale et des déformations du sol. Ces dernières déformations se manifestent de manière spectaculaire. Des lacs situés dans le parc de Yellowstone se sont modifiés dans le sens où l'inclinaison du sol change et modifie les rivages (du côté où le sol se gonfle, les rivages actuels sont exondés et à l'opposé ils sont recouverts). D'une manière plus générale, des observations ont montré de surcroît que la hauteur du centre de la caldeira s'était élevée d'environ 100 centimètres sur une période de 60 ans (entre 1923 et 1985). D'après les spécialistes, cet ensemble de phénomènes est lié à la présence d'une chambre magmatique active au dessous de la caldeira. Après investigation, il a été déduit que le corps magmatique située à dix kilomètres seulement sous la surface était le plus grand connu à ce jour. Ce corps magmatique contient à la fois du magma, mais aussi des gaz constituant un ensemble de matière sous pression tendant à soulever la surface du sol se trouvant au dessus. Le magma est généralement à une température d'environ 1 500°C, et les roches en dessous de la caldeira sont à 350°C à environ cinq kilomètres sous la surface, ce qui fait que les roches acquièrent une certaine plasticité. Ce qui est considéré comme probable par les spécialistes de l'étude de cette caldeira, c'est que le plafond du corps magmatique ne supportera pas indéfiniment un surcroît de pression d'un magma séparé de la surface par une croûte aussi fine et rendue «souple» par la chaleur qu'elle a acquise. Classiquement en géologie et en volcanologie, on peut prévoir la survenue d'un événement brutal à long terme.
